Global alignment of DNA sequence (Python)

Programul gaseste o aliniere intre doua secvente {acgt} astfel incat castigul sa fie maxim.
Costuri considerate: match = 1 ; mismatch = -1 ; gap = -2

Exemplu de rulare:

Sursa se afla aici.

Amintiri din Poli

Acel moment cand popcorn intarzie 55 min la examen, vine total nepregatit si incearca fara succes sa scoata niste subiecte din cap, dureaza 10 min sa dicteze o intrebare grila + 4 raspunsuri dintre care te prinzi care e ala corect pt ca il zice instant si la alea gresite se gandeste cate 1 min gen : "ĂĂĂĂĂ, MMMMM" -- via Facebook

From DNA to Protein

Perceptron AND/OR gate

threshold = 0.5 # any value
learning_rate = 0.1 # any value
weights = [1, 1, 1] # x0 = 1 is constant, x1, x2 any value

# AND GATE
training_set = [((1, 0, 0), 0), ((1, 0, 1), 0), ((1, 1, 0), 0), ((1, 1, 1), 1)]

# OR GATE
#training_set = [((1, 0, 0), 0), ((1, 0, 1), 1), ((1, 1, 0), 1), ((1, 1, 1), 1)]

def dot_product(values, weights):
return sum(value * weight for value, weight in zip(values, weights))

while True:
    print('-' * 60)
    error_count = 0
    for input_vector, desired_output in training_set:
        result = dot_product(input_vector, weights) > threshold
        error = desired_output - result
        if error != 0:
            error_count += 1
            for index, value in enumerate(input_vector):
                weights[index] += learning_rate * error * value
    if error_count == 0:
        break

print(str(weights[1]) + ", " + str(weights[2])) # w1 & w2
print(threshold-weights[0]) # threshold

Costurile aplicației pentru master/PhD în SUA

test GRE........................ 160 $
test TOEFL.................... 200 $
taxă de admitere............. 0 - 90 $ / universitate
(să presupunem în medie 45$ / universitate)
traducere diplome........... 3.5 $ / pagină
(presupunem 2 pagini ale diplomei)
legalizare foaie matricolă.. 1.4 $ / pagină
(să presupunem 7 pagini, în bilingv care nu necesită traducere autorizată)
cost trimitere aplicație..... 2.2 $ / plic
(prioritar, restul lumii, 51-100g)
-------------------------------------------
Presupunem că trimiteți aplicație la 4 universități.
TOTAL COST (1) = 160 + 200 + 45 * 4 + 3.5 * 2 + 1.4 * 6 + 1.4 * 7 * 4 + 2.2 * 4 = 603.4 $

Acesta este costul inițial pentru primii pași, care se pot fructifica
- într-o admitere sau NU.
- într-o admitere fără finanțare sau CU

Presupunem o admitere, te decizi să pleci:
taxă SEVIS........................... 200 $
taxă de viză (student)............. 200 $
taxă zbor............................... 1000 $ (în medie)
------------------------------------------
TOTAL COST (2) = 1400 $

TOTAL ~ 2000 $ !!!! + timp și stres
(o adevărată investiție)