13 februarie 2014

Local alignment of sequence

Aceasta postare este o continuare la Global alignment of DNA sequence, cu diferenta ca matricea de valori este initializata toata cu 0 (inclusiv marginile), iar valorile negative din matricea de costuri sunt rotunjite la 0.
Am considerat costurile:  match = 2, mismatch = -1, gap = -2



Prima matrice: costurile
A doua matrice: precedenta - 0 (diagonala), 1 (vine de sus), 2 (vine din stanga), -1 (neinitializat)

Sursa se afla aici.

12 februarie 2014

Global alignment of DNA sequence (Python)

Programul gaseste o aliniere intre doua secvente {acgt} astfel incat castigul sa fie maxim.
Costuri considerate: match = 1 ; mismatch = -1 ; gap = -2

Exemplu de rulare:

Sursa se afla aici.